Як розрахувати кількісний показник зчеплення генів
Кількісний показник зчеплення генів, або логарифм оцінки коефіцієнтів, є статистичними тестом і використовується в аналізі генетичних зв`язків. Кількісний показник зчеплення генів порівнює ймовірність отримання тестових даних, якщо два фенотипу пов`язані або не пов`язані між собою. з ймовірністю отримання тестових даних.
кроки
1
Ви можете розрахувати кількісний показник зчеплення генів двома способами. Найпопулярніший з них використовується в тому випадку, якщо у вас невелика потомство. У цьому випадку використовуйте метод нижче з заголовком "Коли кількість потомства невелике". У разі, якщо ваше потомство маленьке, і ви відчуваєте, що число рекомбінантних і не рекомбінантних генів точно представляє генетичне відстань між цими двома генами (що є рідкістю в генетиці людини), використовуйте метод під заголовком "Коли кількість потомства велике".
Метод 1 з 2: Коли кількість потомства невелике 1
Уявіть певне генетичне відстань між двома генами (від 0 до 50 см). Візьміть одиницею генетичне відстань (г) 0,1.
2
Припустимо, що у вас є 13 осіб, з яких 2 рекомбінантні. Імовірність нерекомбінаціі буде 1-r = 1-0,1 = 0,9
3
Так як ви хочете обчислити кожен генотип, розділіть його на 2 (1-г) / 2 = 0,45. Імовірність рекомбінації буде г / 2 = 0.1 / 2 = 0.05
4
Повторіть цей процес для г як 0, 0,01, 0,03, 0,05, 0,3 і 0,5.
1
Створіть родовід для двох представляють інтерес фенотипів. Чим більше даних ви збираєте, тим краще.
2
Визначте кількість рекомбинантов і нерекомбінантов. Наприклад, припустимо, що аллели A1 і B1 один фенотип прийшов від одного з батьків, а А2 і В2 на фенотип 2 прийшли від іншого. Потомство успадковує A1B1 або А2В2 є нерекомбінантні, в той час як ті, хто успадкував A1B2 або A2B1, є рекомбінантними.
3
Обчисліть ймовірність отримання результатів за умови двох пов`язаних фенотипів. Це робиться за допомогою формули ((R / (R NR)) ^ R) * ((1 (R / (R NR))) ^ NR), де R = число рекомбинантов, NR = кількість не рекомбинантов.
4
Обчисліть ймовірність отримання результатів, за умови, що два фенотипу не пов`язані. Це обчислюється так: 0,5 ^ (NR + R). У наведеному вище прикладі 0,5 ^ (64 +36) = 0,5 ^ 100 = 7.88860905 10 ^ -31.
5
Розділіть ймовірність отримання результатів, припускаючи, що два фенотипу пов`язані (крок 3), ймовірністю отримання результатів. Припускаючи, що два фенотипу не пов`язані (крок 4). У вашому прикладі це одно 4.19187538 * 10 ^ -29 / 7,88860905 10 ^ -31 = 53,14.
6
Візьміть логарифм на підставі 10 співвідношень отриманих вище (крок 5). Для прикладу це одно 53.14 = 1,73.
Поради
- Для інтерпретації кількісного показника зчеплення генів, майте на увазі, що кількісний показник зчеплення генів більше 3,0 вважається доказом зв`язку. Кількісний показник зчеплення генів 3 вказує на шанси 1 до 1000, що зв`язок, що спостерігається нами, не відбувалася випадково. З іншого боку, кількісний показник зчеплення генів менш-2,0 вважається доказом виключення зв`язку. У наведеному вище прикладі кількісний показник зчеплення генів -1,73. Наприклад, зв`язок пропонується, але не підтверджена. Збільшення числа точок даних буде збільшити кількісний показник зчеплення генів, якщо зв`язок існує для аналізу.
Що вам знадобиться
Відео: Зчеплення генів і кросинговер. Рішення генетичних завдань - 10
- калькулятор
Статті за темою "Як розрахувати кількісний показник зчеплення генів"
Оцініть, будь ласка статтю